Djer là con trai của pharaon Hor-Aha với người vợ là Khenthap. Ông nội của ông có lẽ là Narmer, và bà nội của ông là Neithhotep. Djer là cha của Merneith, vợ của Djet và là mẹ của Den. Những người phụ nữ được cho là vợ của Djer bao gồm:

• Nakhtneith (hoặc Nekhetneith), được chôn cất tại Abydos và còn được biết đến từ một tấm bia đá.[11][12]
• Herneith, có thể là vợ của Djer. Chôn cất ở Saqqara.[12]
• Seshemetka, được chôn cất tại Abydos bên cạnh nhà vua.[13] Bà còn được cho là một người vợ của Den theo Dodson và Hilton.[12]
• Penebui, tên và tước hiệu của bà đã được tìm thấy trên một nhãn ngà voi từ Saqqara.[11]
• Bsu, được biết đến từ một tấm thẻ ở Saqqara và một số bình đá (cách đọc tên của bà không chắc chắn; tên của bà bao gồm hình ba con cá).[11]